In Wien hatte Albrechtsberger einige Schüler, darunter u. a. Carl Czerny, Joseph Leopold von Eybler, Johann Nepomuk Hummel, Ignaz Moscheles, Ferdinand Ries, Franz Xaver Mozart. Sein berühmtester Schüler allerdings war Ludwig van Beethoven, über den Albrechtsberger sagte: „[Er wird] … nie was Ordentliches machen.“
Das kompositorische Werk Albrechtsbergers umfasst 279 Kirchenkompositionen, 278 Werke für Tasteninstrumente, 193 weltliche instrumentale Werke, ein Konzert für Maultrommel, Streicher und Basso continuo. Albrechtsberger schrieb auch Kammermusik für das private Musizieren der Kaiserlichen Familie - Joseph II. spielte Violoncello und liebte Fugen.
Es wurde jedoch nur ein kleiner Teil seiner Kompositionen Herausgegeben und gedruckt; der Großteil seines Werkes liegt in Manuskripten bei der Wiener Gesellschaft der Musikfreunde.
